Es gibt Fliegenarten, die sich auch an Orten wo Kot und Unrat präsent sind aufhalten, welche als äußerst unhygienisch angesehen werden müssen. An diesen Orten ist es den Fliegen möglich, dass sie Keime aufnehmen und diese auf Mensch und Tier übertragen.

Besonders Arten der Familien Schmeißfliegen (Calliphoridae), Fleischfliegen (Sarcophagidae) und Echte Fliegen (Muscidae, z. B. die weit verbreitete Stubenfliege) sind häufig als Krankheitsüberträger einzustufen. Die Maden dieser Fliegen leben als Afallverwerter von toten pflanzlichen und tierischen Substanzen.

Für den Laien ist schwer zu erkennen, welche Fliege diesen Lebensstil pflegt und welche nicht, aber im Grunde hat niemand gerne Fliegen als Haustier und man sollte darauf achten, dass sie nicht ins Haus gelangen.

Das Medizinische Versorgungszentrum (MVZ) hat die Stubenfliege als Überträger der Escherichia coli Bakterien (kurz. E.coli) überführt und den Nachweis von von enterohaemorrhagischen E.coli Stämmen im Darm von Stubenfliegen einer Kinderkrippe nach Ausbruch einer schweren Kolitis bei Kindern dieser Krippe gebracht.

Frisst ein Baumstreifenhörnchen also eine Fliege oder Futter, auf welches eine Fliege gekotet hat, kann es gut möglich sein, dass es von diesen Bakterien befallen wird.

Symptome einer Kolitis sind u.a. Durchfall (Diarrhoe), Darmblutungen und Koliken (starke, wehenartige Schmerzen).

Bemerkt man Durchfall bei seinem Tier, sollte sofort ein Tierarzt aufgesucht und eine frische Kotprobe mit eingereicht werden. Es muss sich nicht um eine schlimme Infektion handeln, aber die Möglichkeit besteht. Durchfall ist immer ein besorgniserregendes Zeichen bei unseren Hörnchen und darf nicht auf die leichte Schulter genommen werden. Abwarten und Tee trinken ist hier definitiv die falsche Herangehensweise und man sollte lieber einmal zu viel zum Tierarzt fahren, als einmal zu wenig und wenn man nur ohne das Tier fährt, um eine Kotprobe einzureichen.